Sử dụng thuốc trị u nang buồng trứng không đúng cách có thể gây ảnh hưởng đến hiệu quả điều trị bệnh. Nghiêm trọng hơn, một số loại thuốc có thể gây ra nhiều tác dụng phụ ảnh hưởng đến sức khỏe của người bệnh.